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硅藻土提纯方法主要分为：物理、化学和物理化学综合法。[2]
1 、擦洗法
　　擦洗法提纯硅藻土的前提是通过擦洗将原料颗粒打细，尽量使固结在硅藻壳上的粘土等矿物杂质脱离，为分离提纯创造条件，然后根据各矿物性质和颗粒范围的不同，其中石英泥、含铁矿物、砂的颗粒大，因沉降快可先分出，而粘土杂质蒙脱石经搅拌擦洗已经分散成很小的颗粒，并与硅藻土带有相同的负电荷，彼此同性相斥，所以具有良好的悬浮性和分散性，故可以在料浆中加入氧氧化钠等分散剂来强化蒙脱石的悬浮性和分散性，蒙脱石粒子很难沉淀，而硅藻土粒子在料浆中沉降速度比蒙脱石粒子要快很多，把以蒙脱石为主的悬浮液分出，就可获得以硅藻土为主的硅藻精土。
　　孔伟通过擦洗法去除部分蒙脱石等粘土矿物和粗粒泥沙，使硅藻土的比表面积和孔容积略增。艾显盛等以内蒙赤峰低品位硅藻土为原料，研究了擦洗浓度、擦洗时间、擦洗次数、分散剂等对其物理提纯效果的影响。
　　擦洗法可去除硅藻壳体外面的杂质，但对清除硅藻微孔内的杂质作用不大。擦洗法提纯硅藻土工艺简单，设备投资少，易于实现工业化生产，但占地面积较大，用水量大，生产周期较长，硅藻精土烘干耗能也较大。
2、2.2 酸浸法
　　通过剥片后酸洗，除去了矿浆中大部分铁和铝等杂质，沉降分级第二次得到硅的含量为91.27% 的硅藻土精矿，经过粗选、剥片、酸浸处理的精矿达到了预期要求，硅含量由 71.86% 增至91.27%，有效的去除了杂质，提升了比表面积，整个工艺流程产率约为40%。
　　Guilong Zhang等研究了酸浸对于硅藻孔结构的修饰作用，认为酸浸法不但提高硅藻土含量，还可以对硅藻孔结构进行修饰；Osman San等研究了酸浸对硅藻土过滤性能及孔隙率的影响，并利用酸浸硅藻土制备硅藻土过滤材料和多孔陶瓷材料。
　　文斐等人通过剥片后酸洗，除去了矿浆中大部分铁和铝等杂质，再经一次沉降分级得到硅含量 91.27% 的硅藻土精矿，经过粗选、剥片、酸浸处理后的终精矿达到了预期要求，硅含量由 71.86% 增至91.27%，杂质得以有效去除，比表面也有很大提升，整个工艺流程产率约为 40%。Guilong Zhang 等人研究了酸浸对于硅藻孔结构的修饰作用，认为酸浸法不仅可以提高硅藻含量，还可以对硅藻孔结构进行修饰；Osman San 等人研究了酸浸对硅藻土过滤性能及孔隙率的影响，并利用酸浸硅藻土制备硅藻土过滤材料与多孔陶瓷材料。
　　但常规酸浸法提纯时间长，酸用量大，成本高，污染环境等，不利于工业生产，大大影响了其应用前景，微波强化硅藻土酸浸提纯工艺研究不仅能较好地缩短浸取时间，而且能使浸出率提高。